Der Frauen für Frauen e.V. wurde im Juni 1990 gegründet. In der Aufbruchstimmung der politischen Wende 1989 hatten sich engagierte Frauen zusammen gefunden, um in Leipzig die Einrichtung eines Frauenhauses durchzusetzen. Die Vereinsform ermöglichte die Beantragung von Projektgeldern, so dass das 1. Autonomen Frauenhaus Leipzig im November 1990 eröffnet werden konnte. Es war damit nach Berlin das zweite Frauenhaus in den neuen Bundesländern, das von Gewalt betroffenen Frauen und ihren Kindern Zuflucht, Sicherheit und Hilfe bot.
Die Eröffnung des zweiten Vereinsprojektes der Frauenberatungsstelle erfolgte zwei Jahre später. Damit wurde auf die vielfachen Anfragen von Frauen reagiert, die nicht die Angebote des Frauenhauses nutzen wollten, aber Beratungsbedarf im Bereich Trennung, Scheidung, Sorgerecht, Gewalt in der Partnerschaft etc. deutlich machten. Darüberhinaus bot die Beratungsstelle ehemaligen Frauenhausbewohnerinnen weiterführende Beratung und Unterstützung an.
Im Jahr 1999 trat die Stadt Leipzig an den Verein heran und bot die Weiterführung des bestehenden Frauennotrufes an. Nach Verhandlungen mit der Stadtverwaltung und dem vorherigen Trägerverein wurde der Frauennotruf im Jahre 2000 als drittes Projekt des Vereins Frauen für Frauen eröffnet. Der Frauennotruf versteht sich als Krisen-, Beratungs- und Fachstelle zur Thematik sexualisierte Gewalt.
Durch die von den Mitarbeiterinnen des Vereins maßgeblich mitgestaltete Gesetzesreform „Bundesaktionsplan gegen häusliche Gewalt“ trat im Januar 2002 das sog. Gewaltschutzgesetz in Kraft. Im Zuge dieser Entwicklungen wurde im November 2003 die Koordinierungs- und Interventionsstelle gegen häusliche Gewalt und Stalking (KIS) unter dem Dach des Vereins eröffnet. Die KIS berät und informiert Frauen und Männer, die von häuslicher Gewalt und Stalking betroffen sind. Darüberhinaus ist sie für die Koordination und Verbesserung des Leipziger Hilfesystems verantwortlich.
